โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา เป็นโรงเรียนในโครงการเฉลิมพระเกียรติ ในกลุ่มโรงเรียน 9 นวมินทราชินูทิศ และเป็นโรงเรียนในเครือบดินทรเดชา แห่งที่ 3 เมื่อวันที่ 12-13 ตุลาคม พ.ศ. 2534 กรมสามัญศึกษาได้พิจารณาดำเนินการรับที่ดินไว้จัดตั้งเป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ในปี พ.ศ. 2535 กรมสามัญศึกษาได้มอบหมายให้โรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) เป็นผู้ประสานงานจัดตั้งโรงเรียนในโครงการ 1 ใน 9 โรงเรียน โดยใช้ที่ดินบริจาคของคุณย่าพัฒน์ กังสานนท์ในซอยลาดพร้าว 69 จำนวน 5 ไร่ และใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ๓"[1]โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา ประกาศจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2535 โดยเป็นโรงเรียน 1 ใน 9 โรงเรียนที่กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งเพื่อเฉลิมพระเกียรติในมหามงคลสมัยที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ทรงเจริญพระชนมพรรษา 60 พรรษา ได้รับพระราชทานนามจากสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงว่า "นวมินทราชินูทิศ" และโดยที่กระทรวงศึกษาธิการได้มอบหมายให้อยู่ในความดูแลของโรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ในระยะเริ่มแรก กระทรวงศึกษาธิการจึงให้เติมต่อท้ายชื่อ ว่า "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา" และได้รับมอบหมายให้คุณหญิงลักขณา แสงสนิท ผู้อำนวยการโรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ในขณะนั้นเป็นผู้ประสานการจัดตั้งและดูแล โดยมีนายอมรรัตน์ ปิ่นเงิน เป็นผู้บริหารคนแรก[2]ปัจจุบัน โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานคร เขต 2 กระทรวงศึกษาธิการ มีผู้บริหารสถานศึกษามาแล้ว 5 คน เปิดทำการสอนช่วงชั้นที่ 3 - 4 (ม.1 - 6) จำนวน 68 ห้องเรียน แบ่งเป็นห้องเรียนธรรมดาจำนวน 60 ห้องเรียน และห้องเรียนโครงการ Extra – curricula English Program จำนวน 8 ห้องเรียน แผนการเรียน วิทย์-คณิต, ภาษา (ญี่ปุ่น, ฝรั่งเศส), เน้นคณิตศาสตร์ และไม่เน้นคณิตศาสตร์